SpongeBob e i suoi amici di Bikini Bottom salpano per la loro più grande, nuovissima e imperdibile avventura cinematografica di sempre. Mosso dal desiderio di dimostrare a tutti, soprattutto a Mr.Krabs di avere il cuore di un vero eroe, SpongeBob si mette sulle tracce dell’Olandese Volante, un leggendario pirata fantasma. Inizia così un’avventura tra mostri, pirati e risate, che lo trascinerà nelle profondità più oscure dell’oceano… dove nessuna spugna ha mai osato mettere piede.

Dopo che un gruppo di scienziati ha inventato un modo per "trasferire" le menti umane in corpi di animali robotici realistici, una studentessa della loro università di nome Mabel Tanaka usa questa tecnologia per incarnare un castoro robotico e sventare il piano dell'avido sindaco della città Jerry e di un'impresa edile di distruggere l'habitat animale locale.